1.在土壤中物质、能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性；
2.有效打破土壤板结，微生物菌剂生产工艺，促进团粒结构的形成，朔州微生物菌剂，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；
3.微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机药、重金属和其他污染物等，降低土壤污染的程度。
微生物菌肥对土壤各种问题的解决具有显著功效。微生物菌肥的使用大大减少了化肥的用量及减少污染，而且通过微生物之间或与植物之间的互相作用，植物的抗病与抗逆能力大大增强，这对于提高农作物品质及产量有着重要意义。
使用生物菌肥必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，微生物菌剂是什么，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，微生物菌剂代加工，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用
生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀部分微生物菌，降低肥效。
菌肥一般包装较大，多为40kg，也有25kg和50kg包装的，一般亩用量较大，按照目前全国各地亩有机质含量在1.0%左右的情况，一般果树要200-500公斤左右。大肥料菌肥目前的市场价格比较集中在2000-3000之间，以逐步成为市场的主流肥料。一般复合微生物肥料和生物有机肥的每亩使用量超过200kg，而农用微生物菌剂在单位面积上的用量少，一般每亩用量2-5kg。
一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。
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